systems biology पेपर

Kinome-wide CRISPR/Cas9-knockout screening reveals critical protein kinases in vasopressin V2-receptor signaling

यह अध्ययन वासोप्रेसिन V2-रिसेप्टर सिग्नलिंग मॉडल में महत्वपूर्ण सकारात्मक और नकारात्मक प्रोटीन काइनेज नियामकों की पहचान करने के लिए एक किनोम-व्यापी CRISPR/Cas9 नॉकआउट स्क्रीन का उपयोग करता है, जो ज्ञात खिलाड़ियों जैसे कि PKA और नवीन कारकों जैसे कि Dyrk1a और Stk1et/LKB1 को प्रकट करता है जो कोशिका विभेदन और CRTC प्रोटीन विनियमन से जुड़े विशिष्ट तंत्रों के माध्यम से AQP2 अभिव्यक्ति को नियंत्रित करते हैं।

Park, E., Chen, L., Raghuram, V., Khan, S., Murillo-de-Ozores, A. R., Chou, C.-L., Yang, C.-R., Knepper, M. A.2026-07-10

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HetNetEX: Exact Asymptotic Inference in Heterogeneous Biomedical Knowledge Graphs

HetNetEX एक नवीन विधि है जो विषम बायोमेडिकल नॉलेज ग्राफ में कनेक्टिविटी के लिए महत्व (significance) की कुशलतापूर्वक गणना करने हेतु गणनात्मक रूप से महंगी और रिज़ॉल्यूशन-सीमित क्रमचय-आधारित (permutation-based) XSwap पद्धति को एक सटीक विश्लेषणात्मक अनुमान तकनीक से प्रतिस्थापित करती है।

Ghosh, T., Gillenwater, L. A., Greene, C. S., Costello, J. C.2026-07-10

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Overinflation and overconcentration: why Cauchy perturbation kernels are the right choice for ABC-SMC

यह शोध पत्र यह प्रदर्शित करता है कि उच्च-आयामी ABC-SMC में मानक नॉर्मल (Normal) परटर्बेशन कर्नेल की विफलता, सारांश-सांख्यिकी-प्रेरित सहप्रसरण अतिस्फीति (covariance overinflation) और आयाम-संचालित स्टेप-साइज़ अति-केंद्रण (step-size overconcentration) के संयोजन के कारण होती है, और एक सुदृढ़ डिफ़ॉल्ट विकल्प के रूप में कॉची (Cauchy) कर्नेल का प्रस्ताव करता है जो आयाम की परवाह किए बिना सकारात्मक स्वीकृति दरों को बनाए रखता है और पोस्टीरियर सन्निकटन सटीकता में महत्वपूर्ण सुधार करता है।

Sturrock, M., Shahrezaei, V.2026-07-09

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Curating MitoCore: A Standardized Small-Scale Human Metabolic Model as Platform for Proteomics Integration and Disease Modeling

यह शोध पत्र MitoCore मानव चयापचय मॉडल का एक व्यवस्थित रूप से क्यूरेटेड और मानकीकृत अपडेट प्रस्तुत करता है, जो इसके एनोटेशन की गुणवत्ता और प्रोटीन-प्रतिबंधित मॉडलिंग के साथ इसकी अनुकूलता को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाता है, जिससे रोग-संबंधी चयापचय भविष्यवाणियों की सटीकता में सुधार होता है और भविष्य के स्वचालित अपडेट के लिए एक ढांचा स्थापित होता है।

Lange, E., Santamaria, A. B. R., Heyer, R.2026-07-09

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Multi-layered regulatory networks driving human dopaminergic neuron differentiation

LUHMES मॉडल में एन्हांसर-प्रमोटर इंटरेक्शन मैपिंग के साथ मल्टी-ओमिक्स प्रोफाइलिंग को एकीकृत करके, यह अध्ययन मानव डोपामिनर्जिक न्यूरॉन विभेदन को संचालित करने वाले समन्वित नियामक नेटवर्क को स्पष्ट करता है, जिसमें MYT1, ISL2 और NHLH2 जैसे प्रमुख ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर्स को महत्वपूर्ण परिपक्वता चालक और LCOR को एक नकारात्मक नियामक के रूप में पहचाना गया है।

Malaymar Pinar, D., Jing, Y., Li, H., Liu, X., Coschiera, A., Kere, J., Yoshihara, M., Swoboda, P., Sahlen, P., Varjosal (…)2026-07-09

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Identifying Novel Targets of the Stringent Response in Plants and Cyanobacteria using chemoproteomics

यह अध्ययन पौधों और सायनोबैक्टीरिया में नवीन ppGpp-बाइंडिंग लक्ष्यों की पहचान करने के लिए केमोप्रोटीओमिक्स का उपयोग करता है, जो क्लोरोप्लास्ट में पाइरिमिडीन चयापचय के निषेध और सायनोबैक्टीरिया में ग्लाइकोजन संश्लेषण एवं कार्बोक्सीसोम एकत्रीकरण के सक्रियण जैसे विशिष्ट नियामक तंत्रों को प्रकट करता है, जिससे प्रकाश संश्लेषक जीवों द्वारा पर्यावरणीय तनाव के अनुकूल होने की हमारी समझ का विस्तार होता है।

Karlsson, A., Rillema, R., Sporre, E., Englund, E., Vogiatzi, N., Llavina Ramirez, J., Gurdap, C. O., Sezgin, E., Edfors (…)2026-07-09

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Representation Learning of Human Diseases for Indication Expansion and Investment Decisions

यह शोध पत्र Dis2Vec को प्रस्तुत करता है, जो एक प्रतिनिधित्व शिक्षण (representation learning) ढांचा है जो व्यवस्थित ज्ञान पुनरुत्पादन (knowledge repurposing) को सक्षम करने, निवेश निर्णयों के लिए चिकित्सीय हस्तांतरणीयता भविष्यवाणियों में सुधार करने और दुर्लभ एवं गैर-दुर्लभ रोगों के अनसुपरवाइज्ड क्लस्टरिंग को सुगम बनाने के लिए आनुवंशिक और फेनोटाइपिक डेटा से जैविक रूप से आधारित रोग एम्बेडिंग उत्पन्न करता है।

Ravandi, C. B., Mowrey, W., Chatterjee, A., Khanshan, F., Haddadi, P., Ughetto, M., Barrett, I., Ding, W., Guillermo, D. (…)2026-07-07

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The molecular triggers of human labour: a longitudinal plasma proteomics study

यह अनुदैर्ध्य प्लाज्मा प्रोटिओमिक्स अध्ययन एक पुनरुत्पादनीय पांच-प्रोटीन अनुक्रमिक कैस्केड की पहचान करता है, जो IL-33/ST2 अक्ष द्वारा संचालित होता है और गर्भाशय (मायोमेट्रियल) संकुचनशील प्रोटीनों पर समाप्त होता है, जो स्वतः मानव प्रसव के आरंभ के लिए आणविक ट्रिगर के रूप में कार्य करता है।

Nastou, K., Scheller, N. M., Tiberti, M., Tolver, A., Rasmussen, M.-L. H., Papaleo, E., Quake, S., Boyd, H. A., Melbye (…)2026-07-07

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Organizing principles in the Nitrogen-Carbon Landscape of Marine Heterotrophic Bacteria

समुद्री हेटरोट्रॉफिक बैक्टीरिया के एक लाइब्रेरी का फेनोटाइपिंग करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि जबकि विविध कार्बन और नाइट्रोजन स्रोतों पर वृद्धि का फाइलोजेनी से कमजोर संबंध है, यह सब्सट्रेट गुणों जैसे कि C:N स्टोइकीओमेट्री और रिडक्शन की डिग्री के साथ-साथ विशिष्ट स्ट्रेन-आधारित लक्षणों के इर्द-गिर्द व्यवस्थित है जो सरल यील्ड भविष्यवाणियों को चुनौती देते हैं और वैश्विक जैव-भू-रासायनिक चक्रों के मॉडलिंग के लिए नए सिद्धांत प्रदान करते हैं।

Kratzl, F. P., Scott, H., Jayasinghe, S., Huges, K., Osborne, M., Sher, D., Segre, D.2026-06-09

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TabularQual: A spreadsheet-based format for annotating and curating logical models in SBML-qual

यह शोधपत्र TabularQual को प्रस्तुत करता है, जो एक स्प्रेडशीट-आधारित प्रारूप और द्वि-दिशीय परिवर्तक (bidirectional converter) है जो नियामक और सिग्नलिंग मॉडलों के एनोटेशन, क्यूरेशन, विनिमय और अंतर-संचालनीयता को बढ़ाने के लिए मानव-पठनीय तार्किक मॉडल निरूपणों को मानकीकृत SBML-qual XML प्रारूप के साथ जोड़ता है।

Li, L. X., Bleker, C., Soliman, S., Calzone, L., Hiroi, N., Helikar, T., Konig, M., Ladeira, L., Monteiro, P. T., Noel (…)2026-06-03

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